Phế hậu có họ rất phổ biến của người Mông Cổ là Bác Nhĩ Tề Cát Đặc, còn phiên gọi [Bác Nhĩ Tế Cẩm thị; 博尔济锦氏], bà xuất thân từ nhóm gia tộc thống lĩnh của bộ tộc Khoa Nhĩ Thấm.

Các dòng họ "Bác Nhĩ Tề Cát Đặc thị" tại Mông Cổ có thể chia ra ở nhiều bộ tộc, nhưng đại đa số đều là thủ lĩnh của bộ tộc đó, gia tộc của Khoa Nhĩ Thấm cũng như vậy. Gia tộc của Phế hậu nhiều đời làm Bối lặc ở vùng đất Khoa Nhĩ Thẩm, ngày nay là khu vực tỉnh Nội Mông Cổ. Dòng dõi Bác Nhĩ Tề Cát Đặc thị của Khoa Nhĩ Thấm nguyên là hậu duệ trực hệ của Chuyết Xích Cáp Tát Nhi, em trai cùng mẹ của Thành Cát Tư Hãn. Thanh sử cảo cùng sách đời Thanh không ghi lại tên thật của bà, nhưng căn cứ theo tập hồ sơ tên Thanh nội bí thư viện Mông Cổ văn đương án hối biên Hán dịch (清内秘书院蒙古文档案汇编汉译), phát hiện ra bà có thể có tên là Ngạch Nhĩ Đức Ni Bổn Ba (额尔德尼本巴Erdeni Bumba), trong đó [Erdeni] có nghĩa là trân bảo, còn [Bumba] là một loại bình sử dụng trong Phật giáo Tây Tạng.

Tổ phụ của Phế hậu là Trung thân vương Trại Tang (宰桑), thân phụ của Hiếu Trang Hoàng thái hậu, mẹ sinh của Thuận Trị Đế. Sau khi Thuận Trị Đế lên ngôi, Khoa Nhĩ Thẩm bộ tộc được thiện đãi, chia ra làm nhiều phân nhánh và thừa hưởng các tước [Hòa Thạc Thân vương; 和硕亲王] thế tập truyền đời. Cha của Phế hậu là là Trác Lễ Khắc Đồ Thân vương Ngô Khắc Thiện (吴克善), anh trai cùng mẹ của Chiêu Thánh Thái hậu, được cai quản vùng Horqin Tả Dực Trung và tạo nên một phân nhánh lớn ở đây. Ngoài ra, một người em trai của cha bà, Sát Hãn, chính là tổ phụ của Hiếu Huệ Chương hoàng hậu.

Theo vai vế gia tộc, Phế hậu là cháu gọi Hiếu Trang Thái hậu bằng cô, do vậy là biểu tỷ của Thuận Trị Đế. Ngoài ra, bà còn là cô của Hiếu Huệ Chương Hoàng hậu, vị Hoàng hậu thứ hai của Thuận Trị Đế. Trong hôn nhân hoàng tộc cổ, việc họ hàng lấy nhau là rất phổ biến, không phát sinh dị nghị, thậm chí là một chính sách để kéo dài vinh quang, biểu thị nương tựa lẫn nhau vì lợi ích của các dòng tộc lâu đời.